Fatih Sultan Mehmed'in verdiği fermanla Rumlar, yani Ortodokslar Patrikhane bünyesinde kurulmuş olan Fener Mekteplerinde okuma-yazma işlerini devam ettirmiş, kiliseler ve şapeller bünyesinde papazlar aralıksız özellikle din ağırlıklı Grek (Yunan) tarihi, dili ve coğrafyası üzerinde insan yetiştirmişlerdi. Fener Rum Mektebi (Patrikhane Mektebi) adında yüksek düzeyde bir okul, Osmanlı döneminde gelişerek faaliyet gösterdi.
Burada Grekçe, felsefe, ilahiyat, tıp, riyaziyat ve fiziki bilimler okutuldu. Aynı zamanda burası Rumluk aleminin bir akademisi ve beyni idi. Mezunları, öğretmen, patrik ve Eflak-Boğdan Voyvodası, Osmanlının en büyük tercümanları olarak görevlendiriliyordu. 1700'lerin sonunda okul öğretmenlerinin "Yunan Dilinin Hazinesi" adlı önemli bir sözlük geliştirmişlerdi. Halbuki Osmanlıda ilk Türkçe sözlük 1900'lerin başında yayınlanmıştı. Bu eserle Rumlar milli benliklerinin korumanın en önemli yolunun dil olduğunu kavramışlardı.
Nafi Atıf Kansu bu olayı şöyle izah etmektedir. 1821 Mora isyanında 40.000 Türkü şehit eden Rumların bu isyanını hazırlayan "Eterya" cemiyeti, kilise ile el ele vererek mektepler vasıtasıyla milli emellerinin tahakkukuna çalıştı...!. Ecnebi memleketlerde tahsil görmüş Rum gençlerinin gayretleriyle Mora'da, Teselya'da hatta İstanbul'da Rum mektepleri dini çehrelerini değiştiriyor, daha ziyade Avrupa'nın milli maarif hareketlerinden ilham alarak milli bir seciye kazanıyorlardı. Esasen kendilerine Rusya gibi kuvvetli bir hami kazandıran Kaynarca Muahedesinden (1774) sonra Rumlar milli istiklal için çalışıyorlardı.
1770'den sonra, Cezayirli Hasan Paşa'nın izniyle Edremit Cunda Adası (Ali Bey) da Papaz İkonomos tarafında kurulan akademinin 1884 yılında ele geçen belgelerinde özetle
1-Türkleri ezeli düşman olarak Rumlara tanıtmak,
2-Türklerin en ufak hatalarını büyüterek Avrupa'ya duyurmak,
3-Türkleri iktisaden çürütmek, sakat ticaret yolarına götürmek ağır şatlarda kredi vermek,
4-Türk Milletin din, ahlak, maneviyat duygularını çürütmek,
5-Zinaya sevk etmek, külhan beyi ruhuyla büyümelerini sağlamak, küfrü yaygınlaştırmak, hocalara zengin rum tüccarları vasıtasıyla sokulup yoldan çıkarmak
6-Din adına uyduruk hikayeleri anlatmalarını sağlamak,
7-Türkler arasında fitne ve fesadın yayılmasını temin etmek savaş zamanlarında Türklere yapılabilecek tüm kötülükleri yapmak,
8- Doktor ve eczacı Rumların yanlış tedavi ve yanlış ilaçla hasta ve yaralıları öldürmek,
9-Tük çiftçisini ağır faiz yükü altına sokarak elindeki tarlaları almak,
10-Devlet adamlarını yanlış kararlara yönlendirmek, sabotaj ve suikastlar düzenlemek gibi konuları talebelerine anlatarak uygulama alanına soktukları gözlenmektedir.
Yunan devletinin kurulması söz konusu olduğu 1800'lerede tüm Rum okulları bir çeşit ön karakol haline gelmişlerdi. Başta İstanbul, Mora, Teselya ve tüm Rum okulları bir anda yapısını ve işleyişini değiştirerek, sınıflarda ihtilalcı papazlarla birlikte komitacılar ders vermeğe başlamış, Rum okulları Etnik-i Eterya'nın kontrolüne girmişti. 1911 yılında bu Rum okullarının sayısı Anadolu'da 1584'e ulaşmıştı.
Erzincan Refahiye'de 2 Rum mektebinin açılmış olması Erzurum'da 3 okulun varlığı bunu gösteriyordu. Ayrıca Fransızların açtıkları Katolik Rumların devam ettiği ilk, orta ve lise mektepleri önemli bir veri kaynağıydı.
Ahmet Ağaoğlu'nun Hâk Gazetesindeki makalesinde Asya Türkiye'sindeki 1584 okuluna diğer Rum okullarıyla birlikte Avrupa Türkiye'sindekileri de ekleyerek Rum okullarının sayısını 3500 olarak tespit etmiştir. Tevhidi Tedrisat kanunuyla azınlık ve misyoner mekteplerinin kapanması sağlanırken ancak Fener Mektebi, Heybeliada Papaz Mektebi ve İkinomos Mektebi Fener Patrikhanesinin atadığı 5 kişilik heyet tarafından yönetilmeye devam etti.
Rumlar kendi mekteplerinin dışında örgütlendiği en önemli okul Merzifon Amerikan Misyoner Kolejidir. 1904 yılında Rum öğrenciler okulu merkez edinerek papazlar yardımıyla hızla örgütlenmeye başlamış ve Pontus ruhunu bölgede güçlü kılmak için her yolu demişlerdir. İnebolu'dan Batum'a kadar bölgede hızla örgütlenerek vatanı bölme faaliyetine giriştiler. Kolejde; Rum İrfan Kulübü ve Pontus Kulübü kurarak yetiştirdikleri çocukları Türklere düşman olarak birer fedai haline getirilmişlerdi.
Rum çeteleri Birinci Dünya Savaşı boyunca Türk köy ve kasabalarına saldırılar düzenlemiş, askeri ulaşım ve haberleşmeyi engellemiş, Ruslar adına casusluk yapmışlardı. Bütün bu olaylar ve devamında Giresun Belediye başkanının oğlu olan Konstantin Kostandinidis Marsilya'da Pontus'cuları bir araya getirerek sözde Avrupa'daki barış görüşmelerine (Sevr) Pontus fikrini iletmişlerdi. Son olarak 1921 yılında Türkçe öğretmeni Zeki Bey vahşice şehit edilmiş, kurulduğu günden itibaren misyonerliğin kontrolündeki bu okul ilerleyen günler kapatılmıştı. TBMM tutanaklarında, Atatürk'ün Nutkunda konuyla ilgili son derece çarpıcı örneklerin olması konu hakkında yeterli bilgi vermektedir.
Kıbrıs'ta binlerce Türkün şehit edilmesi evinden yurdundan atılmasına sebep olan Heybeli Ada Papaz okulundan mezun olan Papaz Makarios olmuştu.
Sonuç olarak azınlık ve misyoner mekteplerinin çalışması göstermiştir ki milli hudutlar içinde farklı dil ve lehçelerde eğitim ve öğretime izin verilmesi, içinden çıkılmaz olaylara sebebiyet vermiştir. Hele 1463 yılında Rumlara, 1821 yılından 1914 yılına kadar Ermenilere, 1914 yılından sonra Yahudilere teslim edilen "Tercüme Odası" günümüz lisanıyla "Kozmik Odasında" yaşanan acı olaylar bizlere dikkatli olmamızı, bu kurumların asla Türk Milletinin evlatlarından başkasına teslim edilmeyeceği gerçeğini hatırlatmaktadır.